Selon l’article 14 (5) de la Loi sur l’eau, le ministre de du Développement durable, de l’Environnement et des Parcs peut « fixer des règles applicables au fonctionnement et au financement de tout organisme ou table constitué ou désigné pour mettre en œuvre la GIEBV ».

Le COGESAF a pour mandat de coordonner la gestion intégrée et concertée des ressources en eau par bassin versant sur sa zone de gestion intégrée. Pour ce faire, il :

i.  coordonne un processus de concertation en s’assurant d’une représentation équilibrée des utilisateurs intéressés et des divers milieux concernés;

ii.  coordonne l’élaboration d’un plan directeur de l’eau et sa mise à jour subséquente;

iii.  mobilise les utilisateurs de l’eau et du territoire vers un passage à l’action pour favoriser la cohérence et la mise en œuvre du plan directeur de l’eau, notamment en faisant sa promotion;

iv.  coordonne les exercices de suivi et d’évaluation du plan directeur de l’eau.

En raison du statut d’organisme à but non lucratif du COGESAF, celui-ci peut s’octroyer des mandats complémentaires en fonction de sa mission. Par exemple, il peut choisir de participer à l’acquisition des connaissances sur les eaux souterraines, accompagner les résidents et les instances dans la lutte aux algues bleu-vert, etc.